实验中心实行校院两级管理。学校管理主要体现在政策支持、岗位设置、项目审批和经费保障上，中心自行负责建设与运行管理；实验中心主任直接由学校任免，全面负责中心的科研、实验中心规划、实验教学改革工作。实验中心设副主任两名，具体负责市政与环境工程分中心和建筑环境与设备工程分中心的工作。

实验中心下设3个大的实验教学分中心。包括2个专业实验教学分中心（市政与环境工程分中心和建筑环境与设备工程分中心）和1个网络分中心。市政与环境工程分中心、建筑环境与设备工程分中心设主任1名（由中心副主任兼任），主要负责分中心的实验室规划与建设、实验教学改革和运行管理工作。分中心设副主任2名，主要负责分中心的本科实验教学管理、实验教学及科研基地的建设、消防及安全及政治与业务学习工作。网络分中心设主任1名，负责中心信息平台建设和分中心的规划与建设、运行管理、消防及安全及政治与业务学习工作。

市政与环境工程实验教学分中心下设给水排水、环境工程、流体力学3个实验室、建筑环境与设备工程实验教学分中心下设暖通、燃气和热工3个实验室。每个实验室设备管理与维护责任人1～2名，负责放置在该室的实验仪器设备的管理、保养和维护，维护实验室正常运行，同时兼任安全卫生责任人。

实验教学中心实施“坐班制与业绩考核相结合”、“定岗与流动相结合”的实验人员管理模式。（1）坐班制与业绩考核相结合：实验教学中心实验人员在每日签到考勤的基础上，对其工作进行量化，并加强6项工作指标的年终考核。考核结果直接与45%的岗位津贴挂钩。这种管理模式的实施，促使实验人员既能保质保量完成工作任务，又提高了他们的业务素质。（2）定岗与流动相结合：在岗人员实行全员通力合作，并根据需要，打破实验人员所在实验教学组的界限，合理调配使用，做到人尽其用。（3）参与实验教学和实验室建设的本院教师实现学院、中心双重管理。